2009年5月5日，重大新藥創制科技重大專項實施啟動會議在北京召開。科技部萬鋼部長出席會議并做重要講話。衛生部副部長劉謙作了動員講話。全國人大副委員長、專項技術總師桑國衛院士介紹了專項總體布局情況。會議由科技部劉燕華副部長主持。

在國務院的統一領導下，在領導小組組長單位科技部的指導下，衛生部、總后衛生部充分發揮牽頭組織部門的作用，建立了行政和技術管理體系。新藥專項是第一批通過三部門綜合論證，首批通過國務院常務會議審議的專項。新藥專項首批確定的121項課題目前已啟動實施;第二批結合拉動內需、保持經濟平穩較快發展的需求，也已經基本確定了課題，即將付諸實施。

萬鋼部長說，新藥專項的實施事關人民健康，事關培育戰略產業，事關經濟結構的調整，專項管理部門、課題責任單位和負責人要認清形勢，凝聚共識，進一步增強組織實施好重大專項的責任感和緊迫感，要充分認識實施專項在增強醫藥科技自主創新能力，促進我國實現從醫藥大國向醫藥強國轉變，以及應對當前國際金融危機中的現實和戰略意義。

萬鋼部長強調，進一步解放思想，創新機制，健全責任體系和監督體系。要積極探索和創新在市場經濟條件下的重大專項組織實施的舉國體制，堅持按照公正公平的原則組織重大專項實施，加強組織機制和實施方式創新，充分發揮地方主管部門的作用，強化企業創新主體地位，積極促進產學研醫用結合。要加強頂層設計和資源統籌，建立和完善科學的重大專項組織實施構架。要制訂合理的技術發展路線圖和時間表，科學分解任務，明確研發進度。要完善管理制度，加快推進職責明確、分工合理、運行高效的組織管理體系建設。要加快建立監督評估機制，加強目標考核和績效評價。

萬鋼部長指出，要狠抓落實，加強管理，確保實現重大專項目標。要全面部署落實“十一五”專項任務，針對應對國際金融危機、醫療改革的需求，加速重點任務實施。要加強組織管理，確保完成專項目標。要統籌項目、基地和人才隊伍建設，大力引進海外高層次人才。要弘揚科學精神，營造鼓勵創新、寬容失敗的文化氛圍。他對牽頭組織單位，實施管理辦公室和專項總體組在前期富有成效的工作和領導小組各成員單位等方面的通力協作和支持表示衷心感謝!

專項領導小組成員單位領導、牽頭組織實施部門有關領導，科技部重大專項辦公室、社會發展司和生物中心有關工作人員，專項總體組專家，地方科技主管部門、課題承擔單位和課題負責人代表等近500人參加了會議。地方科技主管部門、科研院所和企業的代表分別發言。會后，牽頭組織部門與課題承擔單位代表簽訂責任書。